O rio Arinos passou a ser um dos rios mais históricos de Mato Grosso.
Em 1953, houve a primeira tentativa de colonização da região partindo a iniciativa do deputado Anízio José Moreira e do Sr. Tarley Rossi Vilela proprietários de uma área territorial (hoje Fazenda Rio Parecis).
Em 1954, com lotes adquiridos do Estado, os Srs. Jacintos Borges e Anísio Castilho instalaram a Gleba Massapé. Pouco depois, a mesmo passou a se denominar São José do Rio Claro em virtude da devoção que ambas as famílias tinham por São José e pelo rio Claro que passa próximo a cidade. Quatro anos mais tarde (1958), iniciou-se o desmatamento da região, surgindo as primeiras construções locais. No ano seguinte, foi celebrada a primeira missa pelo Padre Jacob Teodoro Weber.
Em 1966, os desbravadores paranaenses Domingos Briante e Pedro Coelho Portilho, incentivados pelo vigor da floresta Amazônica e a ocorrência de palmitais, foram procurar os donos da gleba e a adquiriram, onde delinearam e lotearam a área urbana. Com a comercialização desses lotes houve um sensível aumento populacional.
Em 17 de junho de 1972, foi criado e implantado na região o PROBOR — Programa de Incentivo à Produção de Borracha Natural, com larga aceitação pelos agricultores locais. Os vastos seringais que se formavam, acrescidos às árvores nativas, deram à cidade o título de ″Capital da Borracha″.
Em 04 de junho de 1976, através da lei nº 3.734, São José do Rio Claro passou a distrito de Diamantino e três anos depois, em 20/12/79, pela lei nº 4.161 na gestão governamental do Dr. Frederico Campos, todavia, desagradou a população, ocasionando, em 19/11/86, a criação do decreto-lei nº 4.294, através do qual a cidade voltou a se chamar São José do Rio Claro.
A criação do município, contudo, não implicou em sua instalação, continuando sob jurisdição político-administrativa da Prefeitura Municipal de Diamantino. Em 31/01/81, o então Governador Frederico Campos nomeou o primeiro administrador da cidade, Sr. José Garcez Munhon, tomando posse em 02/02/81 e administrou até 31/01/83.
A prefeitura de São José do Rio Claro foi instalada em 02/05/81 e, já nas eleições nacionais de 15/11/82, São José do Rio Claro elegeu seu primeiro prefeito, Dr. Lourival Rezende Monteiro, que tomou posse em 15/03/83 e governou até 31 de dezembro de 1988.
Formação Administrativa
Distrito criado com a denominação de São José do Rio Claro, pela lei estadual nº 3784, de 04-06-1976, subordinado ao município de Diamantino.
Em divisão territorial datada de 1-I-1979, o distrito de São José do Rio Claro figura no município de Diamantino.
Elevado à categoria de município com a denominação de São José do Rio Claro, pela lei estadual nº 4161, de 20-12-1979, desmembrado do município de Diamantino. Sede no atual distrito de São José do Rio Claro (ex-povoado). Constituído do distrito sede. Instalado em 02-05-1981.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1983, o município é constituído do distrito sede.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2009.
Fonte: Prefeitura Municipal de São José do Rio Claro