Distrito criado com a denominação de São José (ex-povoado), pela Lei Municipal n.º 326, de 28-11-1956, subordinado ao município de Palmeira das Missões.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o distrito São José, figura no município de Palmeira das Missões.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1988.
Elevado à categoria de município com a denominação de São José das Missões, pela Lei Estadual n.º 9.552, de 20-03-1992, desmembrado do município de Palmeira das Missões. Sede no atual distrito de São José das Missões (ex-São José). Constituído do distrito sede. Instalado em 01-01-1993.
Em divisão territorial datada de 1995, o município é constituído do distrito sede.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2007.
Fonte: Prefeitura Municipal