Distrito criado com a denominação de Senhor Bom Jesus da Pedra do Indaiá, pela Lei Estadual nº 2, de 14-09-1891, subordinado ao município de Itapecerica.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1911, o distrito de Senhor Bom Jesus da Pedra do Indaiá, figura no município de Itapecerica.
Pela Lei Estadual nº 843, de 07-09-1923, o distrito de Senhor Bom Jesus da Pedra do Indaiá, tomou a denominação de Pedra do Indaiá.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1933, o distrito de Pedra do Indaiá (ex-Senhor Bom Jesus da Pedra do Indaiá), figura no município de Itapecerica.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-VII-1960.
Elevado à categoria de município com a denominação de Pedra do Indaiá, pela Lei Estadual nº 2764, de 30-12-1962, desmembrado de Itapecerica.
Sede no antigo distrito de Pedra do Indaiá. Constituído do distrito sede. Instalado em -01-03-1963.
Em divisão territorial datada de 31-XII-1963, o município é constituído do distrito sede.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2007.
Alteração toponímica distrital
Senhor Bom Jesus da Pedra do Indaiá para Pedra do Indaiá, alterado pela Lei Estadual nº 843, de 07-09-1923.
Fonte: www.citybrazil.com.br